# 群体设计格整合重分析结果

## 结论边界

本模块从 fresh PASS 的规范标本矩阵重新起算。所有点、线和方向均为重复横断面的群体设计格对比，不是同鼠轨迹，也不构成动物水平恢复证据。恢复几何使用 32 个固定 A/B split-half cross-Gram 去噪；1,999 次 bootstrap 只在 lineage×stage×sex×rawZT 格内重抽标本。

恢复是否沿原暴露路径回撤不能压缩为单一‘恢复/未恢复’标签：路径距离、方向和正交偏离是彼此不同的问题。最近折线段统计量非光滑，且本设计缺少可识别的动物/笼位残差结构，因此没有伪造 constrained-null P 值；主证据是预定义几何指标的 bootstrap CI。

## 主几何

下表是32个固定split-half的加权主点估计；正式网页并列展示1,999次bootstrap中位数及95% percentile CI，因此两处末位数可能略有不同。

| 层 | 分量 | R+4 off-path/||D8|| | R+8 off-path/||D8|| | 初始反向 cosine | R+4→R+8 朝 E0 cosine |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|
| Species | level | 1.000 | 1.289 | 0.489 | 0.542 |
| Metabolite | level | 1.209 | 1.023 | 0.156 | 0.683 |
| Function | level | 1.012 | 2.253 | 0.725 | 0.825 |
| Species | rhythm | 0.554 | 0.725 | 0.600 | 0.269 |
| Metabolite | rhythm | 1.107 | 0.953 | 0.509 | 0.566 |
| Function | rhythm | 0.370 | 0.709 | 0.676 | 0.039 |

`off-path=0` 才表示落在 E0–E8 暴露折线上；正 cosine 仅表示方向与回撤相容，不能抵消大的正交偏离。完整 CI、最近线段、轴向/正交分解见 `outputs/recovery_geometry_ci.csv` 与全量 bootstrap 表。

六项中，初始反向 cosine 与 R+4→R+8 朝 E0 分量的 95% CI 全部大于 0，说明方向上都有回撤成分；但 Species/Function 的 level 与 rhythm 的 R+8 off-path−R+4 off-path CI 全部大于 0，路径偏离反而加深。只有 Metabolite 的两项该差值 CI 小于 0，但 R+8 本身仍距暴露折线约一个 `||D8||`。因此结果支持‘有反向分量但不是沿原路返回’，不支持简单复原。

## 70 格信号方差架构

| 层 | between-cell | harmonic | nonharmonic |
|---|---:|---:|---:|
| Species | 0.581 | 0.259 | 0.161 |
| Metabolite | 0.506 | 0.325 | 0.169 |
| Function | 0.495 | 0.310 | 0.194 |

三大层主几何与主 cross-SS 架构统一使用两模态雌雄平衡有效样本量调和均值、再按 70 格中位数归一化的精度权重；完整权重见 `crossomics_primary_cell_weights.csv`。Function 比例是 11 个功能层分别做 A/B cross-SS 分解后等权平均；没有把不同数据库层的特征拼在一起。负 cross-SS 不裁零。full-square 和 equal-cell weight 均只作为明确命名的 sensitivity。稀疏敏感性只排除 ZMF×R+4×M×ZT24，女性亚格保留并用 sex-adjusted 139/140 亚格估计。

## 审计、P2 与跨组学主题

- cross-Gram 原始谱中出现负特征值的审计项为 5/28；这里 28 项包括 22 个功能层级×分量和 6 个三大层主宏×分量，不是 28 个主检验。主结果采用可审计的 nearest-PSD 投影，并并列 full-sample 描述与 HC3 trace-corrected sensitivity。
- 暴露 turning 共 18 项，只报告普通标本 bootstrap 百分位区间；该重抽不是 `cosine=0` 下的零分布，所以 `p_value`/`q_value` 明确为 NA、不做 BH。它们是 P2，不替代恢复主证据。
- 预定义功能—代谢主题共 4 个；正式 P 值为 0 个。候选注释、功能层级重复与缺少标本配对使其只能作为群体格探索，阴性结果被完整保留。
- 三层主几何统一为 feature-standardized：Species CLR、每个 Function 层 CLR、QC30 Metabolite log2 都按逐特征全体标本 SD 标准化；各自 raw CLR/log2 与代谢 QC20 standardized/raw 均在 sensitivity 表中。

## 可复现性

- Bootstrap：1,999；固定 split：32。
- 主恢复 omnibus 的 `p_value`/`q_value` 明确为 NA，`inference_basis=bootstrap CI evidence only`。
- Bootstrap 条件于全数据预先锁定的逐特征 SD，重抽时不重新估计 scale；raw-scale 只有点敏感性而无 CI。这些 CI 不包含 scale 选择、cage 或 batch 不确定性。
- 输入哈希、脚本哈希、输出哈希和逐项检查见 `outputs/input_hashes.csv`、`outputs/validation.json`、`run_manifest.json`。