# 微生物组全面分析结果摘要

状态：**PASS**。全部结果为随机粪便样本的群体层探索性证据。

## 数据规模

- 836 份样本；6,673 个物种、2,838 个功能特征、3 项 alpha 多样性。
- 暴露阶段以 E0 为参照，恢复阶段以 E8 为参照。

## 核心调用数（BH q<0.05）

| 模块 | 对比 | 物种 MESOR | 物种节律 | 功能 MESOR | 功能节律 |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|
| 同阶段谱系差 | E0 | 3,332 | 4,935 | 1,625 | 2,499 |
| 同阶段谱系差 | E2 | 4,575 | 3,002 | 2,299 | 1,160 |
| 同阶段谱系差 | E4 | 4,205 | 4,403 | 2,109 | 2,226 |
| 同阶段谱系差 | E6 | 4,269 | 3,890 | 1,845 | 1,621 |
| 同阶段谱系差 | E8 | 3,591 | 4,854 | 1,280 | 1,583 |
| 同阶段谱系差 | R+4 | 3,872 | 3,321 | 1,778 | 1,203 |
| 同阶段谱系差 | R+8 | 4,703 | 4,917 | 2,042 | 2,125 |
| 暴露 DiD | E2 vs E0 | 4,484 | 4,461 | 2,229 | 2,168 |
| 暴露 DiD | E4 vs E0 | 3,422 | 4,884 | 1,375 | 2,433 |
| 暴露 DiD | E6 vs E0 | 3,996 | 4,684 | 1,840 | 2,295 |
| 暴露 DiD | E8 vs E0 | 3,027 | 5,064 | 1,141 | 2,240 |
| 恢复 IUT+方向 | R+4 vs E8 | 229 | 2,678 | 25 | 940 |
| 恢复 IUT+方向 | R+8 vs E8 | 292 | 1,759 | 27 | 626 |

## 群落检验

- 19 个预声明对比均完成 9,999 次 `sex × 原始 ZT` 分层置换；PERMANOVA BH 显著 19 个，PERMDISP BH 显著 16 个。
- PERMANOVA 与 PERMDISP 同时显著时，群落差异不能只解释为质心位置变化。
- ‘同阶段谱系差’在 E0 是预分组基线差，在 R+4/R+8 是来源谱系差；恢复期两支均处于 GMF，不能把恢复期这一列写成当前磁场差。
- 恢复调用使用 `max(p_P,p_S)` 的 intersection-union P，并在物种或功能层要求方向回归；MESOR 物种/功能另要求 `|P|≥1` 且 `|S|≥1 CLR`。

## 解释边界

缺少笼位、批次及可靠个体标识，不能估计笼内相关或个体恢复；显著性不等于磁场的个体因果效应。

## 节律稳健性

- 删除 ZT24 或 ZT0 后，物种调用 Jaccard 的阶段范围为 0.721–0.931，功能总体为 0.664–0.964。
- categorical-ZT 2 df lack-of-fit 的物种阶段比例范围为 66.2%–84.2%，功能总体为 78.5%–94.2%。
- 1 df 拆分显示：物种 `ZT24−ZT0` 边界不连续比例为 40.7%–67.5%，四相位非正弦约束为 35.2%–72.6%；功能总体对应范围为 29.6%–85.7% 和 31.8%–88.4%。
- 保守二级分层 `robust_harmonic = full q<0.05 & dropZT0 q<0.05 & dropZT24 q<0.05 & joint_LOF q>=0.05`：每个 lineage×stage 的物种数为 743–1,709，功能总数为 124–543；该标签不替代锁定主分析的完整数据 q。
- 99 次性别层内 ZT 置换已覆盖 182 个 lineage×stage×feature-group 汇总；经验 P 最小分辨率为 0.01，仅用于调用率校准。

## 模块 18 新增的全链端点

- 输入 QC：836 份规范样本、6,673 个物种、2,838 个功能特征、11 个功能层；12 个原始 Count 矩阵均重新读取表头、维度和 SHA-256，状态 **PASS**。
- E0 已存在明显来源谱系基线差：物种 MESOR/节律调用 3,332/4,935，功能对应 1,625/2,499；因此同阶段组间差不能直接解释为磁场造成，E0 校正是主线。
- E0 校正暴露期 omnibus：物种 MESOR/节律分别调用 6,366/6,414；功能分别调用 2,770/2,759。
- E0 校正的逐阶段 MESOR 调用呈非单调变化：物种 E2/E4/E6/E8 为 4,484/3,422/3,996/3,027，功能为 2,229/1,375/1,840/1,141；这不是随暴露周数单向累积的图景。
- E8 锚定的方向性恢复也分层：物种 MESOR R+4/R+8 为 229/292，节律为 2,678/1,759；不能压缩成一个‘越来越恢复’方向。
- R+8−R+4 来源谱系差直接变化：物种 MESOR/节律分别调用 4,461/4,228，但方向收缩只有 1,658/1,087；功能显著 2,011/1,670，方向收缩 641/252。即多数显著阶段变化不是向零单调回归；这些仍是两个独立横断面阶段的总体差。
- Bray–Curtis 19 个预声明对比：PERMANOVA BH 显著 19 个，PERMDISP BH 显著 16 个。
- 群落层 19/19 PERMANOVA 显著，但 16/19 PERMDISP 也显著；大量 Bray–Curtis 差异同时包含组内离散度改变，不能都写成质心整体迁移。
- sex 探索：物种 abundance 三阶交互调用 13,767，功能 2,122；物种 sex×节律阶段变化调用 44,546，功能 9,289。群落 sex×lineage 只在 E6, E8 通过 BH；这些结果不能排除 sex 与 cage/batch 混杂。

## 11 个功能层

下表给出 E8 相对 E0 校正的 MESOR 调用数；完整阶段、节律、恢复与 R+8−R+4 分层表见 `outputs/functional_call_summary.csv`。

| 功能层 | 特征数 | E8 E0校正 MESOR q<0.05 |
|---|---:|---:|
| CARD::AMR_Gene_Family | 82 | 31 |
| CARD::ARO_Name | 377 | 167 |
| CARD::Drug_Class | 57 | 19 |
| CARD::Resistance_Mechanism | 6 | 0 |
| CAZy::CAZyLevel1 | 3 | 2 |
| CAZy::CAZyLevel2 | 302 | 132 |
| GO::GO_Function | 2 | 0 |
| GO::GO_Term | 1,939 | 751 |
| MGEs::MGE_class | 43 | 27 |
| MGEs::MGE_type | 14 | 9 |
| eggNOG::COGFunctionalCategory | 13 | 3 |

## 解释边界

本模块的‘恢复’始终指 E8 后两支均处于 GMF 时的来源谱系总体差是否缩小；不能写成当前磁场 GMF 对 ZMF，也不能写成动物级复原。主结论只使用完整数据 24 h cosinor 的 HC3 2 df 联合 Wald 与 BH q<0.05；drop-ZT、LOF、保守 harmonic 和 sex 均为稳健性或探索层。