# fresh 全面重分析综合结果

## 一句话结论

在E0基线校正后，暴露期改变不是随周数单向累积；回到GMF后可见部分朝E0方向的群体回归，
但R+4与R+8仍保留明显的阶段特异、层特异和路径外重构。因此主故事是“非单调暴露 + 部分定向回归 + 持续重构”，
不是同鼠逐步复原，也不是简单的“恢复/未恢复”二分。

## 数据与方法边界

- 微生物组/功能：836份随机粪便标本；代谢组：840份随机粪便标本、1,171个QC30峰；RNA/SCN：仅E8背景。
- 836份微生物组与840份代谢组没有可核实的一一对应样本键；跨组学整合只比较群体设计格估计，不作样本级配对。
- 微生物组唯一稀疏亚格为ZMF×R+4×M×ZT24（n=2）；split-half为1/1。稀疏敏感性仅排除该雄性亚格，保留同格女性，并用139/140个sex亚格的sex-adjusted估计重建70格。
- 无可靠animal/cage ID；不作配对、动物随机效应、个体轨迹或因果中介。
- 主节律为24 h群体cosinor、sex固定效应、HC3 sine/cosine 2 df联合Wald，BH q<0.05。
- 正式逐特征恢复统一为B=ZMF_E0−GMF_E0，P*=(ZMF_E8−GMF_E8)−B，Q*_r=(ZMF_Rr−GMF_Rr)−B，S=Q*−P*；旧raw-E8 P表被运行时拒绝。
- 恢复几何是群体设计格对比的split-half cross-Gram去噪与1,999次格内bootstrap CI；最近折线统计量没有可识别的constrained-null P，因此P/q保持NA。

## 1. E0校正后，暴露期是阶段性重定向

- 物种水平E2/E4/E6/E8调用为 4484/3422/3996/3027，节律为 4461/4884/4684/5064。
- 功能水平为 2229/1375/1840/1141，节律为 2168/2433/2295/2240。
- 代谢峰水平为 267/453/407/252，节律为 361/284/492/258。
- 三层序列均不支持把响应写成随暴露周数单调增强；P2 stage-turning只允许引用turning cosine及percentile CI，作为探索性方向改变描述，不引用其P/q。

## 2. 复磁后有定向回归，但不是沿原路整体返回

- R+4/R+8方向性水平回归：物种 259/322，功能 30/32，代谢峰 45/31。
- R+4/R+8方向性节律回归：物种 2838/1892，功能 1068/802，代谢峰 41/31。
- 菌群/功能MESOR含CLR效应门槛，代谢水平含log2(1.2)门槛，节律使用向量方向条件；各百分比只作层内比较。
- 这些是E0校正P*/Q*与E8→恢复S的群体横断面对比；两个恢复周均在GMF，R+4/R+8差异不能写成当前磁场差。

### 直接R+8−R+4来源谱系残差变化

| 层 | 水平q<0.05 | 水平方向收缩 | 节律q<0.05 | 节律方向收缩 | 水平正/负方向 |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|
| Species | 4405 | 1524 | 4114 | 1067 | 2289/2116 |
| Function | 2003 | 565 | 1639 | 349 | 1094/909 |
| Metabolite | 461 | 229 | 390 | 182 | 255/206 |

代谢E0校正Q*直接调用水平/节律=461/390，方向收缩=229/182，两者同时=157，水平显著峰正/负=255/206。
Alpha多样性E0校正P*/Q*回归为水平R+4/R+8=0/1、节律=1/1；直接R+8−R+4水平/节律调用=3/3，方向收缩=3/1。多样性仍在变，但不支持一致恢复。

### 去噪恢复几何（bootstrap中位数 [95% CI]）

| 层 | 分量 | 初始回撤cosine | R+4→R+8朝E0 cosine | R+4 off-path | R+8 off-path |
|---|---|---:|---:|---:|---:|
| Species | 水平 | 0.489 [0.485, 0.493] | 0.542 [0.530, 0.553] | 1.000 [0.991, 1.009] | 1.289 [1.275, 1.304] |
| Species | 节律 | 0.600 [0.593, 0.606] | 0.270 [0.247, 0.290] | 0.554 [0.542, 0.564] | 0.726 [0.708, 0.741] |
| Function | 水平 | 0.725 [0.643, 0.832] | 0.825 [0.745, 0.907] | 1.012 [0.930, 1.209] | 2.257 [2.073, 2.604] |
| Function | 节律 | 0.676 [0.661, 0.690] | 0.040 [0.014, 0.065] | 0.371 [0.356, 0.386] | 0.710 [0.678, 0.741] |
| Metabolite | 水平 | 0.156 [0.044, 0.254] | 0.684 [0.627, 0.740] | 1.210 [1.103, 1.346] | 1.004 [0.889, 1.128] |
| Metabolite | 节律 | 0.511 [0.422, 0.590] | 0.566 [0.498, 0.633] | 1.103 [0.980, 1.256] | 0.949 [0.821, 1.091] |

正方向cosine表示与回撤相容；off-path=0才表示落在E0–E8暴露折线上。初始回撤方向CI支持为6/6，R+4→R+8朝E0方向CI支持为6/6，
R+8路径外距离不高于R+4的CI支持为2/6。结论只按这些最终CI写成“基线定向分量与正交重构并存”，不补造P/q。

## 3. 信号不全是24 h正弦

| 层 | 格间状态（95% CI） | 24 h harmonic（95% CI） | 非harmonic ZT结构（95% CI） |
|---|---:|---:|---:|
| Species | 0.581 [0.580, 0.581] | 0.259 [0.258, 0.259] | 0.161 [0.160, 0.162] |
| Function | 0.495 [0.493, 0.497] | 0.310 [0.309, 0.312] | 0.194 [0.192, 0.196] |
| Metabolite | 0.506 [0.498, 0.514] | 0.325 [0.317, 0.334] | 0.169 [0.162, 0.175] |

微生物组和代谢组均存在广泛categorical-ZT lack-of-fit；因此完整数据cosinor是锁定主检验，
drop-ZT0/drop-ZT24与joint LOF只用于稳健性分层。候选表把LOF/端点稳定性明确列出。
Function比例是11个功能数据库层内分别计算split-half cross-SS比例后等权macro；功能标签表示推定功能潜力，不是实测代谢通量。

## 4. 候选与阴性证据

候选清单共11行，是事后策展、非穷尽示例，不是预声明发现家族。A层只表示预定义群体恢复证据与形状门槛更完整，并不解除无animal/cage ID、功能注释或代谢结构鉴定限制。
重点候选包括Anaerostipes hadrus节律、Akkermansia sp. BIOML-A60和Ruminococcus sp. AM44-9AT水平、
galactose glycolytic process与cytosolic oxoglutarate dehydrogenase complex，以及峰METP0221/METP0145/METP0089。
代谢峰名称始终是候选结构，必须以峰ID为证据单位并做MS/MS标准品验证。
候选表保留R+4/R+8 joint q、direct R+8−R+4 q与progression_class；跨零者标为overshoot，不能简称持续恢复。

必须同时保留的阴性/限制证据：

- 本综合不再读取旧raw-P候选注释富集；四条机制轴的公平竞争已转交`analysis/19_mechanism_axis_prioritization/`，其正式主分析没有任何轴通过q<0.05竞争性富集。
- 菌群PERMANOVA为19/19、PERMDISP（经典质心距离F）为16/19通过BH，不能把所有群落差异解释成纯质心迁移。
- joint LOF比例范围：物种66.2%–84.2%，功能78.5%–94.2%，代谢20.7%–80.4%；很多显著cosinor不等于稳定单谐波24 h节律。
- RNA/SCN只有E8，且与既往文章重叠；只能作背景一致/不一致检查，不能作恢复、脑肠轴中介或独立故事。
- 预定义功能—代谢主题没有正式P值；不把候选注释重叠包装成显著跨组学机制。

## 5. sex探索与E8 RNA背景

- 菌群群落sex×lineage置换只在E6,E8通过BH；feature级sex结果保留为探索，但sex与cage/housing不可分，不能作性别因果解释。
- E8 RNA保守节律比例的ZMF−GMF差：sWAT +28.5个百分点，而Liver/Lung/Kidney/Colon分别为-12.5/-9.2/-7.7/-6.9个百分点，显示组织特异而非一致崩塌。
- SCN 16个核心时钟基因的field MESOR q<0.05为0；waveform边缘调用为Rorc q=0.0465, Arntl q=0.0474。这不是SCN崩塌，更不是恢复或脑肠轴中介。

## 6. 推荐叙事

零磁暴露在E0基线差之上引起多组学状态与节律结构的阶段性重定向；回到GMF后，
群体状态出现朝基线方向的分量，但R+4与R+8并未简单沿暴露路径逆行，而是在物种、功能和代谢层表现出不同程度的持续重构。
E8组织RNA/SCN只用于说明宿主时钟背景可与肠道层共同讨论，不参与恢复链条。

## 可复现性

四个fresh模块加E0校正恢复模块的PASS状态与锁定SHA-256见`upstream_gate.csv`；综合图和候选清单均由`run_synthesis.py`动态读取上游表生成。
最终`run_manifest.json`先于`validation.json=PASS`写入，避免半完成结果被误认成定稿。