# E8 RNA / SCN 次级支持层数值摘要

> **E8 secondary support only; no recovery inference; prior-publication overlap, not standalone story.**

## 边界与读法

本模块只用于观察已有 E8 组织 RNA 与单独 SCN 数据集能否为肠道菌群/
代谢物主分析提供一致或不一致的辅助证据。它不是恢复分析，不含 Recover RNA，
不含 A1–A12，也不建立独立文章故事。无 animal/cage ID；模型在每个组织内将标本作为独立观测，
但跨组织样本列是否来自同鼠无法核对，因此不做跨组织配对、个体轨迹或随机效应解释。

## 输入、QC 与表达过滤

- 总计 744 个组织样本列：主组织 RNA 684（带 ZT 600，
  无 ZT 静态组织 84），SCN 60；这 744 列不能解释为 744 只独立动物。
  SCN 源标签 `famale` 已统一映射为 `F`。
- 数值只来自 raw integer counts；normalized 工作簿只读 Sheet1 前 16 列注释，
  且按 `gene_id` 显式 join，不按行号。
- CPM 分母先对每个样本累加 raw 矩阵全部 57,132 个基因行，然后才将存储/
  建模矩阵限制到可按 `gene_id` 连接的注释基因集。
- 每组织独立过滤：CPM≥1 且满足至少 `max(3, ceil(10%×n))` 个样本；
  模型响应为 `log2(CPM+0.5)`。这是探索性 logCPM+HC3，不冒充 DESeq2。
- 各组织保留基因数范围为 14048–18824；QC 标记 18 个样本需人工复核，
  本模块没有自动删除任何样本。

## 24 h 节律与形状诊断

- 11 个带 ZT 组织（10 个主组织 + SCN）×2 field 的主 cosinor 共调用 127315 个 gene×cell（HC3 sine/cosine 2 df，cell 内 BH q<0.05）。
- 同时通过 dropZT0、dropZT24 且 joint LOF q≥0.05 的保守层共 67096 个 gene×cell。
- 分类 ZT 模型的 joint LOF q<0.05 共 76703 个 gene×cell；这些结果提示
  ZT24−ZT0 边界不连续或非单谐波形状，不应直接解读为稳健 24 h 节律。
- 主 cosinor 中 sex 项经 cell 内 BH 后 q<0.05 共 92856 个 gene×cell，
  仅作样本层探索性性别差异，可受批次/笼位缺失混杂。

### 各 tissue×field 节律调用

| tissue | field | filtered genes | primary | dropZT0 | dropZT24 | joint LOF | conservative |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|
| BAT | GMF | 14607 | 7334 | 7362 | 7457 | 6826 | 2762 |
| BAT | ZMF | 14607 | 6858 | 8295 | 6386 | 6822 | 2492 |
| Brain | GMF | 17176 | 3017 | 2560 | 2351 | 143 | 1748 |
| Brain | ZMF | 17176 | 2125 | 2360 | 2192 | 1412 | 1257 |
| Colon | GMF | 16966 | 6594 | 5447 | 6725 | 2620 | 3683 |
| Colon | ZMF | 16966 | 5201 | 6048 | 5303 | 5136 | 2505 |
| Gastroc | GMF | 15084 | 4848 | 4675 | 4710 | 1369 | 3031 |
| Gastroc | ZMF | 15084 | 4957 | 7412 | 3783 | 3222 | 2510 |
| Heart | GMF | 14974 | 5862 | 5553 | 5718 | 2031 | 3553 |
| Heart | ZMF | 14974 | 5717 | 6410 | 5345 | 3510 | 2862 |
| Kidney | GMF | 15990 | 7405 | 6850 | 7126 | 2365 | 4674 |
| Kidney | ZMF | 15990 | 6664 | 7360 | 6251 | 4123 | 3438 |
| Liver | GMF | 14048 | 8119 | 7756 | 7586 | 3612 | 4490 |
| Liver | ZMF | 14048 | 7188 | 8654 | 6310 | 6401 | 2729 |
| Lung | GMF | 17435 | 8230 | 7873 | 8604 | 4349 | 4678 |
| Lung | ZMF | 17435 | 6989 | 7622 | 7157 | 6039 | 3075 |
| eWAT | GMF | 18824 | 4652 | 5145 | 4433 | 3812 | 2306 |
| eWAT | ZMF | 18824 | 4694 | 6056 | 4774 | 2930 | 2431 |
| sWAT | GMF | 17700 | 2979 | 3214 | 2760 | 1599 | 1797 |
| sWAT | ZMF | 17700 | 9693 | 9377 | 9758 | 2631 | 6835 |
| SCN | GMF | 16513 | 4554 | 5976 | 4008 | 4217 | 2162 |
| SCN | ZMF | 16513 | 3635 | 3569 | 4642 | 1534 | 2078 |

## GMF/ZMF 差异

- 带 ZT 组织中 field harmonic-intercept（MESOR 参数，非五个 ZT 观测边际均值）q<0.05 共 28231 个基因；
  field×sin/cos 2-df q<0.05 共 33668 个基因。
- 7 个无 ZT 静态组织只做 sex-adjusted field effect，q<0.05 共 18737 个基因；它们没有被贴上任何节律标签。

## 核心时钟基因与功能注释

- 16 个核心时钟基因在带 ZT tissue×field 的保守节律标记共 175 条；全部基因级结果见 `core_clock_gene_audit.csv`。
- 供应方注释将官方目标 `Arntl` 写为 `Bmal1`；已显式映射到   `ENSMUSG00000055116`，并同时保留 requested symbol 和 matched annotation symbol。
- GO/KEGG/Reactome 组织特异背景富集中，q<0.05 且命中≥3 基因的 term 共 8666 个 set×term。每个基因对同一 term 最多计一次。

## 解释限制

1. ZT0 与 ZT24 在组织内模型中作为独立标本观测，不作同鼠端点配对解释。
2. 没有 animal/cage ID，无法排除笼位与批次混杂；HC3 只处理异方差，不会恢复缺失的设计信息。
3. 本模块只有 E8，不能推断恢复、时间轨迹或因果中介。
4. 组织 RNA/SCN 与既往发表工作重叠，只可作跨组学支持层，不单独包装为新故事。