LC-P20260305017_Matrix.tar.gz
粪便宏基因组：菌群分类、耐药、碳水化合物功能、GO、可移动遗传元件和 eggNOG。
34 个完整矩阵＋1 个截断文件数据清单与完整分析 · 更新于 2026-08-14
数据概览：两个压缩包
及其分析结果
第一个压缩包为粪便宏基因组；第二个包含粪便代谢组、普通组织 RNA 和 SCN RNA。报告列出可用文件，并给出零磁暴露与地磁恢复的分析结果。
数据
两个压缩包的数据内容
两个文件的格式分别为 .tar.gz 和 .rar，本文统称“压缩包”。
包 A 是粪便宏基因组，包 B 是粪便代谢组和组织 RNA，两者数据不重复。计数版、标准化版和不同注释层级常来自同一批样本，文件数不能视为动物数。
零磁场节律.rar
粪便代谢组、普通组织 RNA、Recover RNA 和 Week8 SCN RNA。
9 个 Excel 文件，归档完整压缩包 A
粪便宏基因组：19 行文件清单
所有完整矩阵都包含同一组 836 个样本，但列顺序不一定相同。all_*_Count 是计数表，*_abund_Sample 是供应方整理的丰度表。
展开 19 项宏基因组文件清单
| 文件夹 | 数据内容 | 计数文件 | 丰度文件 | 项目数 / 状态 |
|---|---|---|---|---|
| TaxTable | 门水平菌群 | all_Phylum_Count.xlsx | taxonomy_Phylum_abund_Sample.xlsx | 212 项 |
| TaxTable | 纲水平菌群 | all_Class_Count.xlsx | taxonomy_Class_abund_Sample.xlsx | 420 项 |
| TaxTable | 目水平菌群 | all_Order_Count.xlsx | taxonomy_Order_abund_Sample.xlsx | 766 项 |
| TaxTable | 科水平菌群 | all_Family_Count.xlsx | taxonomy_Family_abund_Sample.xlsx | 1,635 项 |
| TaxTable | 属水平菌群 | all_Genus_Count.xlsx | taxonomy_Genus_abund_Sample.xlsx | 5,334 项 |
| TaxTable | 种水平菌群 | all_Species_Count.txt | taxonomy_Species_abund_Sample.txt | 29,933 项 |
| CARD | 耐药基因家族 | all_CARD_AMR_Gene_Family_Count.xlsx | CARD_AMR_Gene_Family_abund_Sample.xlsx | Count 235；丰度 236 |
| CARD | ARO 耐药基因名称 | all_CARD_ARO_Name_Count.xlsx | CARD_ARO_Name_abund_Sample.xlsx | Count 1,028；丰度 1,029 |
| CARD | 对应药物类别 | all_CARD_Drug_Class_Count.xlsx | CARD_Drug_Class_abund_Sample.xlsx | Count 116；丰度 117 |
| CARD | 耐药机制 | all_CARD_Resistance_Mechanism_Count.xlsx | CARD_Resistance_Mechanism_abund_Sample.xlsx | Count 11；丰度 12 |
| CAZy | 碳水化合物功能一级分类 | all_CAZy_CAZyLevel1_Count.xlsx | CAZy_CAZyLevel1_abund_Sample.xlsx | Count 6；丰度 7 |
| CAZy | 碳水化合物功能二级分类 | all_CAZy_CAZyLevel2_Count.xlsx | CAZy_CAZyLevel2_abund_Sample.xlsx | Count 663；丰度 692 |
| GO | GO 功能大类 | all_GO_GO_Function_Count.xlsx | GO_GO_Function_abund_Sample.xlsx | 4 项 |
| GO | 具体 GO 功能条目 | all_GO_GO_Term_Count.xlsx | GO_GO_Term_abund_Sample.txt | Count 6,443；丰度 14,647 |
| MGEs | 可移动遗传元件类别 | all_MGEs_MGE_class_Count.xlsx | MGEs_MGE_class_abund_Sample.xlsx | Count 134；丰度 135 |
| MGEs | 可移动遗传元件类型 | all_MGEs_MGE_type_Count.xlsx | MGEs_MGE_type_abund_Sample.xlsx | Count 33；丰度 34 |
| eggNOG | COG 功能分类计数 | all_eggNOG_COGFunctionalCategory_Count.xlsx | 无 | 25 项 |
| eggNOG | NOG 功能描述丰度 | 无 | eggNOG_NOGDescription_abund_Sample.txt | 37,115 项 |
| eggNOG | NOG 丰度矩阵 | 无 | eggNOG_NOG_abund_Sample.txt | 原文件截断，不能使用 |
包 A 外层归档在最后一个大文件中截断。前面的 34 个矩阵已完整恢复；eggNOG_NOG_abund_Sample.txt 已隔离，没有进入分析。
- 样本
- 836 份粪便
- 阶段
- E0、E2、E4、E6、E8、R+4、R+8
- 来源
- GMF、ZMF
- 采样点
- ZT0、ZT6、ZT12、ZT18、ZT24
- 性别
- 雌性、雄性
- 完整度
- 多数格 6 份；1 个格只有 2 份
唯一少样本的是 ZMF 来源、R+4、ZT24、雄性这一格，只有 2 份，因此宏基因组总数是 836，而不是 840。
压缩包 B
代谢组和组织 RNA：9 个文件
包 B 归档完整。9 个 Excel 文件分属代谢组、普通组织 RNA、Recover RNA 和 Week8 SCN RNA；原始计数版与标准化版通常来自同一批样本。
展开 9 项代谢组与 RNA 文件清单
| 类别 | 文件名 | 数据内容 | 实际规模 | 标签和限制 |
|---|---|---|---|---|
| 代谢组 | Metabolome_Sample_Info.xlsx | 840 份粪便代谢组样本的标签表 | 840 行样本映射 | 字段包括 Sample、WK、SampleID、COND1 |
| 代谢组 | Metabolome_norm_intensity_featurespeaks.xlsx | 代谢物峰强度和候选注释 | 2,232 行候选注释；840 个生物样本＋93 个 QC；合并后为 1,171 个独立峰 | 含离子模式、MZ、RT、名称、分子式、HMDB、KEGG、通路等 |
| RNA 标签 | RNA_seq_metadata.xlsx | 普通组织和 Recover RNA 的样本标签表 | “零磁”和“复磁”两个 sheet | Recover 部分仍缺恢复周和 ZT；A1 至 A12 没有映射信息 |
| 普通组织 RNA | RNA_seq_gene_count_matrix.xlsx | E8 普通组织 RNA 原始计数 | 57,132 个基因 × 684 个样本列 | 600 列带 ZT；84 列没有 ZT |
| 普通组织 RNA | RNA_seq_normalized_and_counts_matrix.xlsx | 同一批普通组织 RNA 的基因注释、FPKM 和 count | 52,349 个有注释基因 × 684 个样本列 | 与上一文件是同一批样本，不是新增动物 |
| Recover RNA | RNA_seq_Recover_gene_count_matrix.xlsx | Recover RNA 原始计数 | 57,132 个基因 × 252 列 | 文件名指恢复/复磁批次，但标签不足以区分 R+4 和 R+8 |
| Recover RNA | RNA_seq_Recover_normalized_and_counts_matrix.xlsx | 同一批 Recover RNA 的基因注释、FPKM 和 count | 49,322 个有注释基因 × 252 列 | 204 列与本研究相关；36 列明确无关；A1 至 A12 共 12 列无映射 |
| Week8 SCN RNA | Week8_SCN_RNA_seq_gene_counts_expression.xlsx | E8 SCN RNA 原始计数 | 57,132 个基因 × 60 个样本列 | GMF/ZMF × 雌雄 × 5 个 ZT；每格 3 份 |
| Week8 SCN RNA | Week8_SCN_RNA_seq_normalized_and_counts_expression.xlsx | 同一批 SCN RNA 的基因注释、FPKM 和 count | 38,882 个有注释基因 × 60 个样本列 | 部分 female 写成 famale，是统一拼写问题，不是缺样本 |
- 代谢组：840 份生物样本覆盖七个阶段、两条来源、两种性别和五个 ZT，每格 6 份；恢复阶段按样本映射解释为 R+4 和 R+8。
- 普通组织 RNA：684 列都是 E8 取材，其中 600 列来自 10 种带 ZT 的组织，可以看 24 小时节律；另外 84 列来自 7 种没有 ZT 的组织，只能比较表达水平。
- Recover RNA：“Recover”确实指恢复/复磁批次，但 252 列没有恢复周，也没有 ZT；所以现在不能区分 R+4 与 R+8，也不能做恢复期节律。
- SCN RNA：只有 E8，共 60 列；GMF/ZMF、雌雄和五个 ZT 齐全，每格 3 份。
合计
可用数据汇总
“规模”按样本或表达矩阵列统计，不将不同文件的数字合计为动物数。
| 数据类型 | 实际数据量 | 时间和标签情况 | 在本项目中的用途 |
|---|---|---|---|
| 粪便宏基因组 | 836 份 | 七阶段、两来源、两性别、五个 ZT；一个格 n=2 | 菌群组成和功能，是主分析数据 |
| 粪便代谢组 | 840 份生物样本＋93 个 QC；1,171 个独立峰 | 七阶段完整平衡；恢复标签为 R+4、R+8 | 代谢水平和节律，是主分析数据 |
| E8 普通组织 RNA | 684 个样本列 | 600 列带 ZT；84 列没有 ZT | 作为 E8 宿主组织背景 |
| E8 SCN RNA | 60 个样本列 | 两来源、两性别、五个 ZT，每格 3 份 | 作为 E8 中枢节律背景 |
| Recover RNA | 252 列表达数据 | 缺恢复周和 ZT；A1 至 A12 无映射 | 当前不进入恢复期或恢复期节律分析 |
不同数据量不能合计为动物总数
- 粪便是在各实验格内盲随机取得的，宏基因组 836 份与代谢组 840 份没有可靠的样本级配对。
- RNA 不同组织是否来自同一只动物没有映射表；样本尾号也不是可信的动物编号。
- 没有可靠的 animal ID 或 cage ID，所以不能做同鼠配对、动物随机效应或个体恢复轨迹。
主分析包括两批独立取得的粪便数据：836 份宏基因组和 840 份代谢组。E8 普通组织 RNA 与 SCN RNA 仅作辅助背景；Recover RNA 因标签不足，不纳入恢复期节律主分析。
00
研究主线：复磁后有一部分回归，但没有沿原来的路回去
粪便在各实验格内随机取得，没有可靠 animal/cage ID；这是不同阶段的群体样本，不是同一只鼠的连续跟踪。
零磁暴露
菌群和代谢组的变化不是一路变强，而是在不同阶段转向·复磁以后
回到 GMF 后，一部分变化往基线靠近，另一部分没有回到原来的轨迹·E8 宿主端
结肠屏障/黏液及 IL22R-STAT3 相关抗菌程序波形改变怎么比较
恢复分析先扣除 E0 时已有的来源差，再比较 E8 的净偏离、恢复期的残余偏离和两者之间的变化。没有扣除起点差的旧结果不用于正式展示。
现在能说什么
数据支持阶段性改变和部分回归，不支持“同一批鼠沿原路恢复”。
现在还不能说什么
四条候选机制轴都没有正式赢家，不能把 A. hadrus、丁酸或 IL-22 写成完整因果链。
图 1
实验设计：零磁暴露、复磁与昼夜粪便宏基因组
正式节律阈值
BH q < 0.05群体固定效应 24 h cosinor
以 sex 为固定协变量，对 sine/cosine 做 HC3 二自由度联合 Wald。ZT0 与 ZT24 是不同标本集合、同一圆周相位；完整数据是主检验，删除任一端点和 categorical-ZT lack-of-fit 用于稳健性分层。
- 微生物
- count<4→0；prevalence≥20%；CLR
- 代谢组
- log2 强度；QC30 主集 / QC20 敏感性
- 恢复
- 先扣除 E0 起点差；R+4、R+8 两支均在 GMF
统计单位重复横断面的群体设计格
节律模型response ~ sex + sin(2πZT/24) + cos(2πZT/24)
不适用的推断无同鼠配对 / 无 animal 随机效应 / 无个体轨迹
系统几何：32 个固定互斥 A/B split，split-half cross-SS 去噪；1,999 次格内 bootstrap 只报告 percentile CI。
P/q 口径：最近折线与 turning 缺少可识别的 constrained-null 检验，因此 P/q 记为 NA。
01
数据、实验阶段与推断边界
微生物组和代谢组是主数据；E8 组织 RNA/SCN 只回答宿主时钟背景是否一致，不进入恢复推断。
GMF · 地球磁场暴露分支ZMF · 零磁场暴露分支GMF_R · GMF 来源、恢复期仍在 GMFZMF_R · ZMF 来源、E8 后回到 GMF
| 数据层 | 规模 | 时间覆盖 | 正式角色 | 不能做什么 |
|---|---|---|---|---|
| 微生物组 | 836 份；6,673 物种；2,838 功能特征 | E0/E2/E4/E6/E8/R+4/R+8 | 暴露、恢复、群落、节律与功能主分析 | 无 animal/cage 配对；唯一稀疏格 ZMF×R+4×M×ZT24 为 n=2 |
| 代谢组 | 840 份＋93 QC；2,232 注释行折叠为 1,171 峰；QC20=814 | 七阶段完整平衡 | 代谢水平、节律、恢复及注释候选 | 不能把同一峰的候选名称重复计数；不能把候选结构写成已鉴定代谢物 |
| 组织 RNA | 684 个主组织表达列：600 带 ZT＋84 静态 | 仅 E8 | 组织特异宿主时钟背景 | 无恢复周；跨组织是否同鼠未知 |
| SCN RNA | 60 个表达列 | 仅 E8、五个名义 ZT | 核心时钟审计 | 不能证明脑肠轴中介或恢复机制 |
| 跨组学整合 | 140 个 sex 分层格 / 70 个 sex-balanced 格 | 共同实验设计 | 比较两个非配对样本集合估计的群体响应 | 不连接 836↔840 SampleID，不声称某菌产生某代谢物 |
- 恢复标签按已确认映射固定：
4w_R / R2week → R+4，8w_R / R4week → R+8。 - E8 之后 GMF_R 与 ZMF_R 两来源谱系都回到 GMF；恢复期组间差是来源谱系残余差，不是当前磁场差。
- 744 是 RNA 组织表达列总数，不是 744 只独立动物；Recover RNA 缺恢复周/ZT，且 A1 至 A12 无元数据，完全排除。
03
暴露响应：E0 校正后仍呈非单调变化
E0 已存在来源谱系差，因此先计算相对 E0 的 difference-in-differences，再比较 E2、E4、E6、E8。
E0 校正后的零磁效应随阶段转向，未随暴露时间单调增大。
| 分析层 | E2 | E4 | E6 | E8 | 读法 |
|---|---|---|---|---|---|
| Species 水平 | 4,484 | 3,422 | 3,996 | 3,027 | 逐阶段 E0 校正 MESOR 调用 |
| Species 节律 | 4,461 | 4,884 | 4,684 | 5,064 | 逐阶段 E0 校正 sine/cosine 向量调用 |
| Function 水平 | 2,229 | 1,375 | 1,840 | 1,141 | 11 功能层合计；BH 仍按层 |
| Function 节律 | 2,168 | 2,433 | 2,295 | 2,240 | 11 功能层合计；不等于去重功能数 |
| Metabolite 水平 | 267 | 453 | 407 | 252 | 1,171 独立峰内 BH q<0.05 |
| Metabolite 节律 | 361 | 284 | 492 | 258 | 峰级 sine/cosine 联合检验 |
调用数不代表效应强度，也不能跨层直接比较。三层调用数的阶段序列均不呈单调变化。
图 2
微生物组结果：群落结构、α 多样性与 E0 校正效应
02
节律图谱：共有、特异与阶段更替
先看每个群体设计格内有哪些 24 h 节律特征，再用正式 E0 校正对比判断 ZMF 是否改变节律。
图 3
24 h 节律图谱：数量、组间差异、共有成员与阶段稳定性
04
恢复分析：先扣除起点差，再看偏离是否缩小
持续 GMF 支线也会随时间变化。因此先扣除 E0 时已有的来源差，再比较 E8 的净偏离和恢复期残余偏离。未扣除起点差的旧结果不用于正式结论。
- 先定起点：记录 E0 时 ZMF 与 GMF 的原始差距。
- 再看 E8：从 E8 的两组差距中减去起点差，得到零磁暴露后的净偏离。
- 看恢复期还剩多少：R+4 或 R+8 也按同一方法扣除起点差，得到残余偏离；再与 E8 的净偏离比较。
- 什么算方向性回归：偏离必须朝相反方向变化，并且恢复期的残余小于 E8 的净偏离。节律按同一原则比较正弦和余弦两个分量。它表示群体差值收缩，不表示同一只动物恢复。
259 / 322物种水平：R+4 / R+8 正式方向回归
2,838 / 1,892物种节律：R+4 / R+8 正式方向回归
30 / 32功能水平；节律为 1,068 / 802
45 / 31代谢水平；节律为 41 / 31
R+8 与 R+4 有显著差异，不等于偏离缩小
| 层 | 水平 q<0.05 | 水平方向收缩 | 节律 q<0.05 | 节律方向收缩 | 补充方向 |
|---|---|---|---|---|---|
| Species | 4,405 | 1,524 | 4,114 | 1,067 | 所有特征效应正/负 3,399/3,274 |
| Function | 2,003 | 565 | 1,639 | 349 | 所有特征效应正/负 1,549/1,289 |
| Metabolite | 461 | 229 | 390 | 182 | 两分量同时 157；显著水平正/负 255/206 |
| Alpha | 3 | 3 | 3 | 1 | 仅 3 个多样性指标，不外推群落整体 |
结论：恢复期仍有变化，其中只有一部分与 E8 偏移反向并表现为收缩；其余为持续增强、反转或跨零 overshoot。
图 4
逐特征恢复：扣除起点差后的净偏离与残余偏离
05
恢复几何：检验是否沿暴露路径返回
显著调用或朝零分量均不能单独证明 retracing；还需计算恢复点到 E0 至 E8 暴露折线的路径外距离。
6/6 分量都含朝 E0 的方向，但只有 2/6 支持 R+8 的路径外距离不高于 R+4。
| 层 | 分量 | 初始回撤 cosine（复磁初期是否逆转暴露末段方向） | R+4→R+8 朝 E0 cosine（复磁后期是否继续朝暴露前方向移动） | R+4 off-path（复磁 4 周距原暴露路线） | R+8 off-path（复磁 8 周距原暴露路线） | 这行说明什么 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Species | 水平 | 0.489 [0.485, 0.493] | 0.542 [0.530, 0.553] | 1.000 [0.991, 1.009] | 1.289 [1.275, 1.304] | 菌群总体有往回走的趋势，但到 R+8 反而离原路线更远，说明没有回到原来的群落状态。 |
| Species | 节律 | 0.600 [0.593, 0.606] | 0.270 [0.247, 0.290] | 0.554 [0.542, 0.564] | 0.726 [0.708, 0.741] | 物种的昼夜变化早期有回撤，后期又偏离，说明一天中的节奏没有恢复原样。 |
| Function | 水平 | 0.725 [0.643, 0.832] | 0.825 [0.745, 0.907] | 1.012 [0.930, 1.209] | 2.257 [2.073, 2.604] | 菌群功能总体有较强回撤，但 R+8 偏离原路线达到 2.257，说明功能组合换了一种方式。 |
| Function | 节律 | 0.676 [0.661, 0.690] | 0.040 [0.014, 0.065] | 0.371 [0.356, 0.386] | 0.710 [0.678, 0.741] | 功能的昼夜节奏早期有回撤，后期几乎不再朝 E0 走，说明节奏重排仍在继续。 |
| Metabolite | 水平 | 0.156 [0.044, 0.254] | 0.684 [0.627, 0.740] | 1.210 [1.103, 1.346] | 1.004 [0.889, 1.128] | 代谢物总体量早期回撤较弱，后期方向增强、路线距离略降，但还没有回到原状态。 |
| Metabolite | 节律 | 0.511 [0.422, 0.590] | 0.566 [0.498, 0.633] | 1.103 [0.980, 1.256] | 0.949 [0.821, 1.091] | 代谢物的昼夜节奏在两个恢复阶段都有回撤方向，路线略微靠近，支持部分回归而不是完全恢复。 |
正 cosine 表示有与回撤相容的方向分量；off-path=0 才表示落在暴露折线上。主几何、cross-SS 与 1,999 次 bootstrap 统一使用两模态雌雄平衡有效样本量的归一化调和均值权重；唯一稀疏格权重为 2/3。CI 条件于锁定的特征尺度和格权重，不传播 cage、尺度或权重估计不确定性。
A 先看方向箭头越朝 E0，说明复磁后越有“往回走”的成分。
B 再看路线点越靠近 0，说明越接近原来的暴露路线；点变远就是走出了新路线。
C 最后看后期看 R+4 到 R+8 是否还朝 E0；方向和路线要一起看，不能只看一个数字。
图 5
非配对群体设计格：回撤方向与路径外距离
图 5 的生物学结论
总体方向：六个分量的初始回撤 cosine 均为正（0.156-0.725），说明复磁后都出现了朝 E0 方向移动的成分。
R+4 与 R+8 的区别：R+4 更像“开始回撤”阶段，六个分量都出现了反向移动；到 R+8，恢复不再同步。物种节律的后期回撤 cosine 降到 0.270，功能节律几乎停在原处（0.040），而代谢水平和节律仍保持较强的后期回撤方向（0.684、0.566）。
路线结果：只有代谢水平和代谢节律的路径外距离下降，分别从 1.210 降到 1.004、从 1.103 降到 0.949；物种水平从 1.000 增至 1.289，功能水平从 1.012 增至 2.257，说明菌群组成和功能组合没有沿原路线复原，而是继续重构。
一句话：复磁产生了部分方向性回归，但没有让整个肠道时间生态原路返回；代谢层更接近原路线，物种和功能层更多表现为新的状态。
以上是群体设计格的 bootstrap 几何结果，不表示同一只鼠的纵向恢复。
06
预定义机制轴竞争检验：正式端点均未富集
SCFA/丁酸、胆汁酸、色氨酸/吲哚和胆碱/TMA 使用预先冻结的词典，并与同一数据层的完整背景做单侧竞争检验；四轴内统一 BH。
根据文献和本项目的研究重点，我们预先挑出四条可能连接菌群代谢与结肠上皮时钟、屏障和炎症的路线：SCFA/丁酸、胆汁酸、色氨酸/吲哚和胆碱/TMA；再用现有功能矩阵和代谢组逐条查找对应证据。功能条目和代谢物峰是分开分析的，不能因为两边都出现，就认为已经证明了同一条因果链。正式统计中，四条路线都没有达到预设显著标准，所以目前没有哪条可以直接写成机制。只有在更严格的代谢物子集里，色氨酸/吲哚显示出较强的节律富集，因此被列为优先验证方向，但仍需标准品和靶向实验确认。
| 候选轴 | 功能条目 | 代谢候选峰 | 正式竞争结果 | 可以怎样用 |
|---|---|---|---|---|
| SCFA / butyrate | 10 | 2 | 无竞争性富集 | 非靶向峰中没有乙酸、丙酸或丁酸；必须做靶向 SCFA |
| Bile acids | 0 | 47 | 无竞争性富集 | 候选注释较多，但没有超过同层背景 |
| Tryptophan / indole | 6 | 24 | 无竞争性富集 | 严格单候选高分子集 E8 节律 8/16，BH q=0.0104；仅敏感性线索 |
| Choline / TMA | 7 | 5 | 无竞争性富集 | 不能由少数候选峰指定为主机制 |
敏感性分析：在单候选且 ConfidenceScore≥3.7 的严格子集中，色氨酸/吲哚轴 E8 节律调用为 8/16，四轴 BH q=0.0104。该结果来自候选注释子集，不能替代标准品确认，也不作为正式主结论。
图 6
候选机制优先级：正式检验均未富集，色氨酸/吲哚仅见于敏感性分析
候选锚点
Anaerostipes hadrus：节律假说锚点
该物种不参加四轴模块竞争。物种分类标签不能证明丁酸生成、代谢通量或宿主作用。
R+4 节律回归q=1.241075e-10
R+8 节律回归q=0.001242092
水平分量不作为双阶段稳定主证据
后续验证可优先安排物种特异 qPCR/数字 PCR，并与靶向 SCFA 采用同批次、同 ZT 设计。不能仅据此建立 A. hadrus 与丁酸的机制联系。
它是怎么被选出来的
先对 6,673 个物种统一执行同一条节律回归规则：R+4 和 R+8 的节律联合 q 值都小于 0.05，并且两个阶段的方向都朝暴露前方向。共有 1,408 个物种通过。A. hadrus 不是这 1,408 个物种里的唯一冠军，而是预先指定的 SCFA/丁酸假说锚点；它在两个恢复阶段都通过同一规则，所以单独列出。
右图同时放入 6 个同一规则下、最弱阶段 q 值略高于它的代表性物种。它们不是重新挑出的机制赢家，而是用来说明筛选结果并非只剩一个物种。
查看原始大图 ↗07
E8 组织 RNA/SCN：宿主时钟背景
RNA 与既往节律文章重叠且无恢复期样本，只用于评估宿主时钟的整体状态，不用于构建恢复链或脑肠轴中介机制。
744 列684 主组织＋60 SCN；不是 744 只独立动物
67,096保守 24 h rhythm gene×cell 调用
0 / 16SCN 核心时钟 field MESOR q<0.05
Rorc / ArntlSCN waveform 边缘调用 q≈0.047
sWAT 的 ZMF−GMF 保守节律比例增加 28.5 个百分点，而 Liver/Lung/Kidney/Colon 分别下降 12.5/9.2/7.7/6.9 个百分点。这一分布更符合组织特异重排，不支持全身或 SCN 时钟一致受损。
图 7
E8 RNA：组织间效应差异较大
图 8
核心时钟审计：SCN 未见整体失稳，部分波形改变
08
与阳性结果并列的阴性证据
这些阴性结果直接限定解释范围。
PERMANOVA 19/19 通过 BH，但经典 PERMDISP 也有 16/19；离散度变化普遍存在。
SCFA、胆汁酸、色氨酸/吲哚和胆碱/TMA 的正式竞争检验均未达到 q<0.05；不能从少数峰名推演统一机制。
joint LOF 在物种、功能、代谢中均广泛存在；显著 cosinor 不能全部写成稳定 24 h 正弦。
菌群群落 sex×lineage 只在 E6/E8 通过 BH；缺 cage/housing 信息，不能宣称性别特异因果。
836 与 840 只在设计格层面对齐；相关构型不等于某菌产生某代谢物或脑肠轴中介。
普通 bootstrap turning 仅报告 CI；由于缺少相应 constrained-null 检验，P/q 记为 NA。
展开方法与复现口径
微生物预处理
count<4 置零；prevalence≥20%；TSS 方差不低于层内中位数；样本内零替换后 CLR。α 多样性用完整物种 Count，Bray-Curtis 用 prevalence 后 Count。
代谢预处理
供应方 normalized intensity 直接 log2；候选注释按 Type/MZ/RT＋全强度轨迹折叠；QC30 主分析、QC20 固定敏感性，不做 CLR。
暴露与恢复
暴露以 E0 为参照做 DiD。恢复先扣除 E0 时的起点差，再计算 E8 净偏离、恢复期残余偏离及二者之差；另直接检验 R+8−R+4。所有特征模型使用 HC3 与声明 BH 家族。
fresh 分析隔离范围
旧 module11 至 17 不进入 fresh 模型；未扣 E0 的旧结果只作内部审计。综合模块 28/28 PASS，上游结果和输出哈希已固定。
下一步
基于库存样本的非测序验证方案
不重新建立长期零磁动物模型。正式验证需保留 E0、E8、R+4、R+8、同期 GMF 支线、5 个 ZT 和两种性别，并在实验前完成盲法库存盘点与小规模方法学预实验。
核对样本与混杂结构
逐管核对材料、阶段、ZT、性别、剩余量、冻融次数及对应 ID；向师姐补要装置编号、笼位/换笼、房间位置、采样批次和体重。若无法获得装置/笼位记录，正文需保留潜在装置和 cage confounding。
小型靶向代谢面板
GC-MS 绝对定量乙酸、丙酸、丁酸、乳酸、琥珀酸及支链 SCFA；LC-MS/MS 同批检测代表性胆汁酸、色氨酸/吲哚和胆碱/TMA。标准曲线、稳定同位素内标、加标回收与分层随机进样是必需条件。
候选菌与功能的绝对定量
总 16S、A. hadrus、but/buk、tnaA、baiCD、cutC 的 qPCR/ddPCR；与靶向代谢尽量来自相邻分装。物种与对应代谢轴必须同时复现，才能保留具体菌群与代谢物假说。
验证结肠时钟与屏障锚点
RT-qPCR 锁定 Arntl/Per2/Cry2/Nr1d1/Dbp、Muc2/Tjp1/Ocln/Cldn1、Reg3g/Socs3；至少加入 ZO-1/OCLN/MUC2 或 p-STAT3 的蛋白/组织学正交证据。whole-colon 结果不能写成上皮特异。
A 级验证通过后开展功能实验
用胜出代谢物处理结肠类器官或 Caco-2/HT-29，浓度按实测生理范围设置；检测 TEER、FITC-dextran、ZO-1/MUC2 及 24 至 36 h 时间序列，并加入阻断或回补。短期 FMT 仅作远期保留，不是本轮启动条件。
启动前需确认：库存粪便/结肠/血清/盲肠内容物是否覆盖完整阶段与 ZT；能否获得装置和笼位记录；平台能否完成靶向 SCFA、LC-MS/MS、qPCR/ddPCR、Western/IF/AB-PAS。任何单一 ZT、无同期 GMF 或无 E0 的结果都不能写成节律恢复。
图 9
E8 Colon：屏障/黏液与 IL22R-STAT3 相关抗菌程序通过多项敏感性检查
S
补充方法与质控
补充材料集中放置技术稳定性、sex 混杂、RNA 输入和节律统计稳健性检查，不改变正文主结论。
图 S1
代谢组 QC 与 PCA
图 S4
功能相位全图：供逐项查阅，不作主结论
图 S2
sex 探索：无法与 cage/housing 混杂分离
图 S3
E8 RNA 输入、过滤与组织样本列审计
S5
节律统计稳健性检查
主节律结果已在图 3 中展示；这里补充检查端点、波形和 ZT 标签置换是否会改变结论，不新增生物学主结论。
| 层 | 格间状态 cross-SS | 24 h harmonic cross-SS | 非harmonic ZT结构 | joint LOF q<0.05 范围 |
|---|---|---|---|---|
| Species | 0.581 [0.580, 0.581] | 0.259 [0.258, 0.259] | 0.161 [0.160, 0.162] | 66.2% 至 84.2% |
| Function | 0.495 [0.493, 0.497] | 0.310 [0.309, 0.312] | 0.194 [0.192, 0.196] | 78.5% 至 94.2% |
| Metabolite | 0.506 [0.498, 0.514] | 0.325 [0.317, 0.334] | 0.169 [0.162, 0.175] | 20.7% 至 80.4% |
三层均含可重复的 24 h harmonic，其中 16.1% 至 19.4% 的可重复时间结构不属于该单谐波。LOF 在各层广泛存在，主 q 调用需与保守层同时报告。
图 S5
节律统计稳健性检查：主结论的补充审计
文件
完整报告、候选表与复现文件
正文保留主结果所需数字；以下文件提供总报告、E0 校正恢复、机制轴、Colon 模块和机器可读校验。